Das Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte umfasst zwei Abteilungen unter der Federführung von Jürgen Renn (I) und Dagmar Schäfer (III). Außerdem gibt es drei Forschungsgruppen, mit jeweils einem/r Nachwuchsgruppenleiter(in) oder Koordinator(in) an der Spitze. Zu dem Institut gehört auch eine auf Digital Humanities spezialisierte IT-Gruppe, und es unterhält darüber hinaus Kooperationen in Forschung und Lehre mit anderen Instituten auf der ganzen Welt.