Das Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte umfasst drei Abteilungen unter der Leitung von Etienne Benson und Dagmar Schäfer. Außerdem gibt es Forschungsgruppen, mit jeweils einem/r Nachwuchsgruppenleiter*in an der Spitze.

Zu dem Institut gehört auch eine Digital-Humanities-Gruppe, und es unterhält darüber hinaus Kooperationen in Forschung und Lehre mit anderen Instituten auf der ganzen Welt.