Die ehemalige Abteilung III, von 1997 bis 2014 von Hans-Jörg Rheinberger geleitet, untersuchte Experimentalsysteme und Räume des Wissens mit besonderer Berücksichtigung der Geschichte der Lebenswissenschaften und der Epistemologie von Experimenten.

Die ehemalige Abteilung II, von 1995 bis 2019 von Lorraine Daston geleitet, untersuchte die Geschichte von Idealen und Praktiken der Rationalität, darunter auch grundlegende Praktiken wie Objektivität, Beobachtung und Daten.

Das MPIWG beheimatet mehrere kleinere und auf unterschiedliche Weise finanzierte unabhängige Forschungsgruppen, die von Alexander Blum, Katja Krause und Viktoria Tkaczyk geleitet werden. Die Themen der Arbeitsgruppen reichen von der Geschichte der Physik, zum Lesen und Schreiben der Natur im frühneuzeitlichen Europa, bis hin zur Produktion von akustischem Wissen im Übergang zur Moderne. Sie werden von verschiedenen Institutionen wie der Max-Planck-Gesellschaft, der Volkswagen-Stiftung und der Deutschen Forschungsgemeinschaft finanziert. Sie sind in ihrem Forschungsprogramm unabhängig. 2019 schloss Elaine Leong ihre Forschungsgruppe ab. 2016 schlossen Sabine Arnaud und Vincenzo De Risi ihre Forschungsgruppen ab; Sven Dupré und Veronika Lipphardt beendeten ihre Forschungsgruppen im Jahr 2015.

Seit 2011 ist Glenn W. Most (Scuola Normale, Pisa, Italien; University of Chicago, USA) gewähltes auswärtiges Mitglied des MPIWG. Seit April 2016 ist Gerd Graßhoff (Humboldt-Universität zu Berlin) Max-Planck-Fellow am Institut und leitet eine Forschungsgruppe zur Evolution textuellen Transmissionen und antiker Geographie. 

Das MPIWG wird alle zwei bis drei Jahre vom wissenschaftlichen Beirat des Instituts beraten und evaluiert. Er besteht aus führenden internationalen Wissenschaftshistorikerinnen und –historikern.

Alle Forschungseinrichtungen am Institut werden von der Verwaltung (geleitet von Claudia Paaß), dem Forschungskoordinator (Ohad Parnes), der Bibliothek (geleitet von Esther Chen), dem Leiter Kooperationen und Kommunikation (Hansjakob Ziemer), sowie von der Research IT Group und dem EDV-Service unterstützt.